тесты ДНК собаки

  • тестирование ДНК

  • образование заводчика

На протяжении более двадцати лет Американский кинологический клуб использовал возможности технологии генотипирования, чтобы обеспечить целостность своего реестра и помочь заводчикам в точности их племенных записей, определяя, может ли зарегистрированный отец или мать быть генетически исключен из происхождения потомства. его зарегистрированное потомство.

История и технологический выбор

В конце 1990-х годов AKC начал использовать панель из 10 маркеров коротких тандемных повторов (STR) для оценки происхождения. В 2003 году AKC перешел на панель SuperPlex-G, состоящую из 13 маркеров STR плюс маркер пола. Панель SuperPlex-G используется до сих пор и предоставляет профиль ДНК AKC собаки для идентификации и определения происхождения; он не дает никакой информации о экстерьере, породе или наличии/отсутствии генетических заболеваний. Сравнение профилей SuperPlex-G матери, быка и их потомства позволит с уверенностью более 99% определить, происходит ли потомство от тестируемой матери и быка. Каждый новый профиль ДНК AKC систематически сравнивается с генотипами всех ранее профилированных собак и пометов, зарегистрированных в AKC, рожденных 1 января 2000 года или после этой даты.

По состоянию на август 2020 года панель SuperPlex-G STR по-прежнему обеспечивала большую часть потребностей AKC в генотипировании. Однако новые технологии, использующие генетическую изменчивость всего генома, предлагают повышенную экономическую эффективность, пропускную способность образцов и возможности обработки, а также возможность легко и недорого собирать дополнительные маркеры для поддержки исследований на собаках и/или предлагать будущие услуги AKC. заводчики.

Чтобы изучить потенциальные изменения в технологиях, AKC совместно с учеными из Калифорнийского университета в Дэвисе, Корнелле, Geneseek, Genscoper и Mars Veterinary подготовил исследование, представленное на конференции Международного общества генетики животных 2016 года. Целями исследования были:

  1. Оценить частоты минорных аллелей (MAF) нескольких сотен выбранных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) собак популярных пород собак.
  2. Разработать мультиплексные панели SNP с использованием подмножества этих SNP для оценки их эффективности при анализе происхождения с использованием четко определенных трио, и
  3. Определить соответствие результатов о происхождении, полученных как STR, так и SNP независимо.

Исследование доказало, что SNP можно эффективно мультиплексировать таким образом, чтобы обеспечить равное или лучшее определение происхождения собак по сравнению с традиционными маркерами STR.

В 2019 году AKC поддержал исследование в Университете штата Северная Каролина (доктора Брин и Оллвуд) для оценки кросс-платформенного генотипирования и окончательного определения SNP, наиболее подходящих для целей происхождения AKC. Важно отметить, что в этом исследовании использовались собаки, ранее генотипированные с использованием текущей стандартной панели SuperPlex-G STR. Исследование продемонстрировало соответствие данных о происхождении у нескольких поставщиков при сравнении STR с SNP по данным GBS (генотипирование путем секвенирования) и привело к разработке новой собственной панели SNP для использования AKC.

Текущие программы и продукты AKC DNA

AKC имеет полный набор добровольных и обязательных программ, используемых для обеспечения целостности реестра AKC и помощи заводчикам в точности их племенных записей, в том числе:

  • Добровольная программа профиля ДНК
  • Программа инспекций питомников/аудита соответствия (CAP)
  • Требование к часто используемым производителям (FUS)
  • Требования к свежей/замороженной сперме
  • Политика регистрации многоплодных пометов
  • Программа оценки родителей AKC
  • Потребность в импортированном племенном поголовье
  • Условная регистрация

Благодаря этим программам и продуктам AKC создал одну из крупнейших в мире баз данных профилей ДНК собак для целей проверки происхождения и генетической идентификации, насчитывающую почти 900 000 профилей.

Добровольная программа профиля ДНК

Программа ДНК AKC позволяет владельцам и заводчикам устранить сомнения или вопросы по поводу идентификации и происхождения. Владелец собаки может заказать набор для анализа ДНК AKC на сайте AKC.org или по телефону. В комплект входит тампон, которым владелец собирает свободные клетки изнутри щеки собаки. Профиль ДНК AKC, содержащий регистрационную информацию собаки, генотип и уникальный номер профиля ДНК, выдается для каждой взятой собаки. Этот номер профиля ДНК будет указан в впоследствии выданных регистрационных свидетельствах и родословных AKC. Многие заводчики предпочитают добровольно пройти анализ ДНК заранее или в ожидании обязательных требований AKC, таких как Требование к часто используемым производителям (FUS).

Программа инспекций питомников/аудита соответствия (CAP)

Образцы ДНК иногда собирают полевые инспекторы AKC, которые ежегодно проводят около 3000 проверок питомников. Сбор таких образцов остается на усмотрение инспектора и обычно проводится только в том случае, если у инспектора есть сомнения относительно способности заводчика правильно идентифицировать собак, находящихся на его попечении. Обычно инспектор берет образцы ДНК от помета щенков, а также от матери и отца, указанных заводчиком в качестве родителей щенков. С заводчиков не взимается плата за обработку образцов, но они должны учитывать любые несоответствия, выявленные в результате анализа. Сотрудники отдела ДНК AKC будут тесно сотрудничать с заводчиками для разрешения вопросов об исключении происхождения, и большинство первоначальных случаев исключения разрешаются, но в случае безуспешности некоторые или все отобранные щенки могут быть подвергнуты кондиционированию (см. Условная регистрация AKC). Заводчики, допустившие ошибки в ведении учета, подвергаются дифференцированной шкале дисциплинарных мер, включая штрафы и отстранения.

Требование к часто используемым производителям (FUS)

В январе 2000 года Совет директоров АКС утвердил политику, известную теперь как Требование к часто используемым производителям (FUS). Данная Политика Совета директоров AKC требует обязательного генотипирования за счет заводчика всех производителей до регистрации 4-го потомства.й помет в любом календарном году или 7й помета за всю жизнь быка. Эта программа гарантирует, что AKC имеет профили ДНК тех собак, которые оказывают наибольшее влияние на Племенную книгу AKC. Примерно 67% образцов ДНК, представленных в AKC, предназначены для собак, которые соответствуют или в конечном итоге будут соответствовать обязательным требованиям. ФУС требования. Заводчики, которые приобретают племенное поголовье или племенную плату у других заводчиков, могут обнаружить, что достоверность их собственных программ разведения оказывается под вопросом, если впоследствии будет установлено, что купленный производитель/производитель исключен из числа своих собственных зарегистрированных родителей. Поэтому заводчикам рекомендуется использовать добровольную программу ДНК AKC для проверки происхождения купленного племенного поголовья до любого разведения. Как и в случае с КЕПКАСотрудники Отдела ДНК AKC будут тесно сотрудничать с заводчиками, чтобы разрешить исключения по отцовству, но в случае безуспешности некоторые или все отобранные щенки могут быть подвергнуты кондиционированию (см. Условная регистрация AKC). В отличие от КЕПКАтакие несоответствия редко приводят к штрафам или другим дисциплинарным мерам.

Требования к свежей/замороженной сперме

С октября 1998 года АКС требует обязательного генотипирования за счет заводчика всех племенных собак, чья сперма собирается для длительного или замороженного или свежего использования. ДНК-профилирование не требуется для искусственного осеменения, при котором присутствуют и собака, и сука.

Политика регистрации многоплодных пометов

С сентября 1998 года АКС требует обязательного генотипирования за счет заводчика всех потенциальных производителей, а также матери и всех щенков любого многопроизводительного помета. Заводчики могут использовать результаты генотипирования для собственного определения происхождения или могут попросить AKC предоставить эту услугу за дополнительную плату (см. Программа оценки родителей AKC).

Программа оценки родителей AKC

AKC оценит происхождение помета и предоставит таблицу оценки происхождения и письменный отчет на основе генотипов, хранящихся в файле AKC. Заводчикам необходимо будет предоставить образцы ДНК всех собак, которых еще нет в базе данных ДНК AKC на момент подачи запроса. Оценка отцовства AKC. Эта услуга предотвращает ошибки при подаче заявки на регистрацию, определяя вероятных производителей для заводчиков с многопородными пометами или для заводчиков с возможными многопородными пометами. Для участия в оценке собакам, отобранным для отбора проб, не требуется регистрация AKC.

Потребность в импортированном племенном поголовье

Импортированные собаки, зарегистрированные 1 марта 2006 г. или после этой даты, должны иметь профиль ДНК AKC до регистрации помета AKC, рожденного в Соединенных Штатах. Это требование распространяется как на мужчин, так и на женщин.

Исключения

AKC разработал свою программу ДНК и требования, чтобы обеспечить целостность своего реестра и помочь заводчикам в точности своих записей. Как упоминалось выше, самым ранним широким внедрением профилирования ДНК АКС было Программа аудита соответствия AKC (CAP) который в 1998 году показал уровень исключения 10%, что означает, что только 90% пометов, профилированных по ДНК, были правильными. Следует отметить, что КЕПКА методология отбора проб имеет уклон в сторону исключений, поскольку сбор проб CAP осуществляется инспекторами AKC, часто при подозрении на ошибки. Тем не менее, AKC принял во внимание этот уровень исключений и в течение следующего десятилетия разработал полный набор требований и продуктов, изложенных в настоящем документе.

Имея текущую базу данных ДНК, содержащую почти 900 000 профилей, собранных за последние два десятилетия, АКС может оценить целостность реестра с большей точностью, чем в 1998 году. Ежегодно АКС получает почти 40 000 образцов ДНК и, если таковой имеется, каждый полученный профиль. сравнивается со своими родителями и/или потомством. В 2000 году средний уровень исключения AKC составлял 12,6%. Благодаря обучению и соблюдению требований AKC смог снизить уровень исключения до менее чем 3% к 2010 году, а сейчас он составляет примерно 2%.

Условная регистрация AKC

До 2006 года неурегулированные исключения по отцовству приводили к исключению исключенной собаки и ее потомства. В 2005 году Совет директоров АКС утвердил меру, согласно которой исключенным собакам и их потомкам выдаются свидетельства об условной регистрации и родословные АКС, а не аннулируются. Этот процесс кондиционализации используется только в том случае, если исключенные собаки считаются чистокровными. «Неизвестно» будет отмечено в регистрации или родословной рассматриваемого предка и любого кобеля/суки, повязанного с собакой с Условная регистрация AKC для регистрации помета необходимо иметь ДНК в файле AKC. Понижение статуса до условного статуса будет оставаться в силе для исключенной собаки(ов) и всего потомства до тех пор, пока не будет установлена ​​родословная трех поколений с подтвержденным ДНК AKC происхождением. В документах, выдаваемых кондиционированным собакам, четко обозначена надпись «Условно». Условная регистрация AKC позволяет заводчикам решать вопросы происхождения, не исключая полностью чистокровных собак из генофонда. Полностью документируя и раскрывая инцидент неизвестного происхождения, заводчики и владельцы собак могут принимать собственные обоснованные решения о том, будут ли они покупать или разводить определенную собаку.

Программа AKC DNA — одна из старейших постоянно действующих операций по ДНК собак в мире. Имея около 900 000 профилированных собак, более 500 000 образцов ДНК собак в хранилище и более 250 000 участвующих заводчиков, AKC остается лидером и новатором в этой важной области. Сейчас, уже третье десятилетие, программа имеет хорошие возможности для использования новых и перспективных технологий для оказания помощи как заводчикам, так и владельцам собак.

https://www.akc.org/wp-admin/admin-ajax.php